К сожалению, в нашей практике не встречался подобный вопрос и нам пришлось обратиться к российским коллегам, которых этот вопрос также поставил в некоторое затруднение.
Несмотря на то, что лицензия выдается на деятельность «в области оказания услуг по трудоустройству граждан Российской Федерации за пределами Российской Федерации», мы не нашли прямого запрета на трудоустройство на иностранные суда граждан других стран.
Не являясь знатоком права РФ, могу только предположить, что иностранное лицо, на законных основаниях находящееся в РФ, имеющее право временного проживания, вправе обратиться в местную крюинговую компанию. Разрешение на трудоустройство, на мой взгляд, тут не нужно, т.к. оно выдается для работы на территории РФ, а для работы на иностранном судне такое разрешение ни к чему.
Мы знаем, что украинских моряков набирают на суда, оперируемые российским менеджментом и, даже если в РФ есть какие-то нормативные коллизии, ставящие под вопрос возможность набора моряка официально через крюинговую компанию и судовладелец заинтересован в моряке, вопрос решается, например, прямым контрактом.

Терентьев А.А.
адвокат